Le VG-99 n'a pas été prévu pour insérer une pédale d'effet externe, il n'y a pas de boucle (send / return).
Avec une double chaîne d'effets intégrée (GT-Pro), les concepteurs n'en voyaient pas l'intérêt.
Je suppose que votre question concerne une pédale avec une sonorité particulière que le GT-Pro ne reproduit pas. Dans le cas contraire, on peut trouver son bonheur avec l'association des effets internes + la simulation de pré-ampli/ampli.
Le type de guitare (virtuelle ou en direct) va influencer aussi la couleur du son. Reste que ce son est le son Boss / Roland, si vous possédez une autre marque d'effet, ce ne sera pas possible de l'insérer dans la chaîne du VG-99.
Pour les amateurs des effets Boss, toutes les pédales externes deviennent superflues : j'ai même réussi à reproduire le principe de la pédale Boss FD-2 Distortion / Feedbacker (déclenche un larsen de la note jouée en maintenant la pédale enfoncée) avec le VG-99 et le pédalier FC-300.